• структурно-функциональная организация лесных экосистем;
• историческая экология;
• флористика;
• геоботаника

Наиболее значимые публикации:

1. Шевченко Н.Е., Смирнова О.В. Рефугиумы флористического разнообразия темнохвойных лесов Северного Урала как маркеры природной растительности Восточноевропейской тайги // Экология. 2016.
2. Шевченко Н.Е., Белоус В.Н., 2014. Конспект флоры лесов Центрального Предкавказья. Москва-Ставрополь: изд-во «Параграф». 136 с.
3. Шевченко Н.Е., 2015. Сообщества сосново-еловых лесов верхней части бассейна р. Печоры (Печоро-Илычский биосферный заповедник, Собинский участок) // Лесотехнический журнал. Т.3. №19. С.142-152.
4. Шевченко Н.Е., 2012. К истории охраны лесов Центрального Предкавказья: Ставропольский губернский лесоохранительный комитет // Вестник Тамбовского университета: Естественные и технические науки. Т.17. №6. С. 1561-1563.
5. Шевченко Н.Е., Викторов В.П., 2014. Леса Центрального Предкавказья // Вестник Тамбовского университета: Естественные и технические науки. 2014. Т.19. №5. С. 1622-1625.
6. Шевченко Н.Е., 2015. Динамика площади и меры сбережения лесов Ставропольской губернии по историко-географическим данным с конца XVII века до 1917 года // Лесоведение. №2. С.37-48.
7. Белоус В.Н., Шевченко Н.Е., 2010. Лесные сообщества верховий реки Егорлык (Ставропольская возвышенность): история и современность // Вестник Московского областного государственного университета. Серия: Естественные науки. №4. С.67-76.
8. Шевченко Н.Е., Годин В.Н., 2015. Спектр половых форм во флоре лесов Центрального Предкавказья // Вестник Томского государственного университета. Биология. №32. С.42- 61.
9. Смирнова О.В., Шевченко Н.Е., Смирнов Н.С., 2015. Оценка потерь флористического разнообразия в основных типах темнохвойных лесов в верховьях реки Печоры // Тр. Печоро-Илычского заповедника. Т.17. С. 147-153.