Центр создан в соответствии с постановлением Президиума Российской академии наук от 9 декабря 1991 года №309. Постановлением Президиума Российской академии наук №262 от 13 декабря 2011 года изменен тип и наименование Центра с Учреждения Российской академии наук Центр по проблемам экологии и продуктивности лесов на Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Центр по проблемам экологии и продуктивности лесов Российской академии наук.

В соответствии с Федеральным законом от  27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р Центр передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).