На мастер-классе обсуждались вопросы, касающиеся широко распространенного в настоящее время метода полимеразно-цепной реакции (ПЦР) для идентификации видов растений и животных. Освещены общие проблемы, касающиеся истории метода, подходы к выделению разных фрагментов генов для разных групп организмов, преимущества и ограничения метода. Более детально рассмотрены этапы работы в лаборатории:
- методы экстракции ДНК;
- подбор праймеров и программы ПЦР;
- визуализация продуктов ПЦР путем электрофореза;
- очистка продуктов ПЦР с помощью ферментов;
- секвенирование продуктов ПЦР.
Рассмотрены варианты выполнения протоколов ПЦР в лаборатории для митохондриаьных и ядерных маркеров растений и животных. С аудиторией обсуждены вопросы поиска данных в базе GenBank дизайн праймеров, оптимизация температурного и временного режимов полимеразно-цепной реакции, необходимость очистки продуктов ПЦР.
Участники мастер-класса выполнили упражнения по разработке праймеров на основе предложенных нуклеотидных последовательностей участка митохондриального гена цитохромоксидазы I (COI) разных групп беспозвоночных животных и предложили варианты изменения условий ПЦР для применения полученных праймеров (характеристики проверили в on-line режиме с помощью программы Oligonucleotide Properties Calculator).
В ходе мастер-класса обсуждались дискуссионные вопросы исключительности данного метода для идентификации видов растений и животных. Все участники, в том числе специалисты в области систематики по разным группам растений и животных высказались, что результаты, молекулярно-генетических исследований, могут быть применимы в подтверждение или опровержение данных, полученных по другим методикам (морфологические, анатомические признаки, экология видов и др.).
С презентацией мастер-класса можно ознакомиться по ссылке.
Организатор – к.б.н. Гераськина Анна Петровна
